Como Santo Antônio juntou-se à ordem dos Franciscanos
Após sua ordenação sacerdotal, Fernando foi nomeado mestre de hóspedes aos 19 anos e encarregado da hospitalidade da abadia. Enquanto estava em Coimbra, alguns Frades Menores chegaram e se estabeleceram em uma pequena ermida nos arredores de Coimbra, dedicada a Santo Antônio, o Grande. Fernando sentiu-se fortemente atraído pelo estilo de vida simples e evangélico dos frades, cuja ordem havia sido fundada apenas 11 anos antes. Chegaram notícias de que cinco franciscanos haviam sido decapitados no Marrocos, os primeiros de sua ordem a serem mortos. O rei Afonso II de Portugal resgatou seus corpos para que fossem devolvidos e sepultados como mártires no Mosteiro da Santa Cruz. Inspirado por seu exemplo, Fernando obteve permissão das autoridades eclesiásticas para deixar os Cônegos Regulares e ingressar na nova ordem franciscana. Após sua admissão à vida dos frades, juntou-se ao pequeno eremitério em Olivais, adotando o nome de Antônio (do nome da capela ali localizada, dedicada a Antônio, o Grande), pelo qual seria conhecido.
Antônio então partiu para o Marrocos, cumprindo sua nova vocação. No entanto, adoeceu gravemente no Marrocos e embarcou de volta para Portugal na esperança de recuperar a saúde. Na viagem de volta, o navio foi desviado do curso e atracou na Sicília.
Da Sicília, seguiu para a Toscana, onde foi designado para um convento da ordem, mas encontrou dificuldades devido à sua aparência doentia. Finalmente, foi designado para o eremitério rural de Montepaolo [it] di Dovadola (‘monte de São Paulo de Dovadola’), perto de Forlì, na Romanha, uma escolha feita após considerar sua saúde precária. Lá, recorreu a uma cela que um dos frades havia construído em uma caverna próxima, passando tempo em oração e estudo privado.